Pada tahun 1985 berdirilah Pondok Pesantren Mahirul-Hikam, dimulai dengan 40 orang santri mukim dan sekitar 90 orang santri yang non mukim, dari tahun ketahun bertambahlah santri dilingkungan Pondok ini, kemudian mulai tahun 1987 mulai diadakan pendidikan Madrasah Diniyah Assalafi, dari tingkat Madrasah Ibtida’, Al-Ula, dan Al Wustho. Dari tahun ketahun bertambahlah siswa dan santri pada Pondok ini, kemudian pada tahun 1991 diresmikan lah Pondok Pesantren ini dengan di Akta Notariskan atau sebagai Yayasan dengan nama “Yayasan Pendidikan dan Kesejahteraan Umat Islam Assalafi (YPKUI) Assalafi” dengan Notaris, oleh Nur fari’ah latif SH, thn 1991. Dan Yayasan diketuai Langsung oleh pengasuh pesantren yaitu beliau Bpk, Kiyai. H. M.Thoha SPd, MPd.
setelah pesantren memiliki badan hukum, menimbang dengan segala perkembangan santri dan perkembangan zaman. Kemudian Yayasan mengikuti progam pemerintah wajib belajar 9 tahun, dewan pengurus Yayasan dan para pemuka pendidikan dilingkungan kecamatan susukan dikumpulkan dan berembuk untuk mendirikan sebuah sekolah menenganh pertama SMP/MTs yang kemudian menghasilkan satu keputusan diadakanya sebuah MTs, yang diberi nama MTs Asssalafi.
Mulai juli 1993 berdirilah sebuah MTs didesa ini, dengan murid pertama sekitar 160 orang untuk dijadikan 4 kelas, saat itu Kepala Madrasahnya adalah K. Maftah Bajuri A.Md, dengan dibantu 22 orang pendidik dari para sarjana dilingkungan Kecamatan Susukan, Kecamatan Tengaran, dan Kecamatan Suruh, keseluruhan siswa dari para santri dan warga sekitar. Saat itu sekolah masih menginduk pada MTs N Susukan yang saat itu masih dikepalai oleh Drs.H. Qowaid. 5 tahun kemudian sekolah diadakan Akreditasi Sekolah oleh Depag Kab. Semarang, yang kemudian pada tahun 1996 MTs Assalafi di Kepalai oleh Bpk. Syamsul Marwan SE, beliau adalah santri mukim yang berasal dari Palembang Sumatra Selatan. Sekolah semakin berkembang didukung oleh fasilitas sederhana dan semangat kerja dari para Dewan Guru dan Dewan Komite Sekolah, kemudian pada tahun 1999/2000 MTs Assalafi di pergantiaan Kepala Sekolah,yang kemudian terpilih sebagai kepala sekolah yaitu Bpk. Jony Mohandis, S.Ag, saat itu sekolah terlihat semakin ada perkembangan dan dengan terlihat siswa menjadi semakin banyak.
Melihat perkembangan tersebut Yayasan ingin meningkatkan program pemerintah yaitu dengan mendirikan Sekolah Menengah Atas (SMA) yaitu tanggal 05 Februari tahun 2002. Berdirilah SMA Assalafi yang di kepalai oleh Drs. Mariyadi, M.Pd. Kemudian Digantikan oleh beliau KH. M.Toha, M.Pd. sekaligus sebagai Pengasuh Pondok Pesantren Mahirul Hikam Assalafi. Kemudian Dilanjutkan oleh Bapak Drs. Ahmad Hasuna yang notabennya juga salah satu pendiri SMA Assalafi, Kemudian di lanjutkan oleh beliau Bapak Aminudin Asrori, S.Ag. Dengan demikian Yayasan meyiapkan lembaga pendidikan bagi santri agar mudah untuk melanjutkan sekolah berikut juga masyarakat dilingkungan Kecamatan Susukan. Siswa-siswi MTs Assalafi dengan mudah untuk melanjutkan sekolahnya.